Hal-hal aneh mulai terjadi di rumah Natsume, seperti tanaman Toukou yang hancur, dan Youkai aneh mulai berkeliaran di sekitar rumahnya. Natsume kemudian mempelajari lebih lanjut tentang Reiko dan kehidupannya di kota ini. Ia juga belajar cara menyingkirkan Youkai yang berkeliaran di sekitar rumah.
